近日，由山东第一医科大学附属省立医院（山东省立医院）“内分泌糖脂代谢与脑老化”教育部重点实验室、复旦大学生命科学学...[作者空间]
细胞间通讯（CCC）的推断对于更好地理解生物系统中复杂的细胞动力学和调控机制至关重要。然而，在单细胞分辨率下准确推...[作者空间]
细胞分割和分类是空间组学数据分析中的关键任务。2024年11月，《Nature Methods》发表了一种端到端的模型——CelloType，专为基于图像的空间组学数据的细胞...[作者空间]
为癌症患者量身定制最佳治疗方案仍是一项重大挑战。为解决这个问题，相关研究团队开发了一个肿瘤精准治疗计算框架——PERCEPTION（PERsonalized Single-C...[作者空间]
单细胞Hi-C (scHi-C) 技术的出现为研究细胞周期阶段与染色质三维 (3D) 结构之间的复杂关系提供了前所未有的机会。然而，基于 scHi-C 数据准确预测细胞周期阶...[作者空间]
现有的时空组对齐和整合方法由于耗时极长且准确度不理想，不适用于处理大规模、基于图像的空间组学数据集。2024年7月...[作者空间]
要将全基因组关联研究（GWAS）的基因位点转化为因果变异和基因，需要从疾病相关组织中获得准确的细胞类型特异性增强子...[作者空间]
空间分辨转录组学 (SRT) 面临的一个紧迫挑战是对计算方法进行基准测试。一种广泛使用的方法是利用模拟数据。然而，...[作者空间]
单细胞和空间组学技术的迅速崛起生成了大量数据，为提供具有用户友好界面的更全面的数据分析平台，《Nature Communications》发表了一款交互式且易于使用的应用程序...[作者空间]
空间分辨组学技术正在改变我们对生物组织的理解。然而，由于数据量大、数据类型异构以及缺乏灵活的空间感知数据结构，单模式和多模式空间组学数据集的处理仍然是一个挑战。2024年3月...[作者空间]
由于固有的低信噪比和存在过多的缺失值，单细胞测序（scRNA-seq）数据分析存在独特的挑战。2024年2月，《Scientific Reports》发表了一种新的基于卷积神...[作者空间]
协调单细胞群体中的细胞类型，并将它们组装成一个共同的框架，是构建标准化人类细胞图谱的核心。2023年12月，《Cell》发表了一种基于树的预测聚类工具——CellHint，用...[作者空间]
癌细胞和免疫细胞会进行代谢重编程，以支持其在生物组织中日益增长的能量需求。为了满足同时进行全细胞代谢和蛋白质原位分析的需求，相关科研团队开发了scSpaMet框架，通过将非靶...[作者空间]
单细胞数据低维嵌入是分解细胞异质性和重建细胞类型特异性基因调控程序所必需的。然而，传统的降维技术在计算效率和全面解决不同分子模式的细胞多样性方面面临挑战。2024年1月，《N...[作者空间]
2024年1月2023 Nucleic Acids Research Database Issue上线，包含180篇涉及生物学和相关领域的论文：其中90篇论文报告了新数据库；...[作者空间]
来自不同物种的单细胞基因表达数据集越来越多，这为探索跨物种细胞类型之间的进化关系创造了机会。scRNA-seq数据的跨物种整合尤其具有参考价值。2023年10月，《Natur...[作者空间]
空间分辨RNA图谱分析技术已被广泛应用于了解细胞在组织中的结构和功能作用，然而在应用空间RNA图谱分析技术时，由于组织切片制备、RNA捕获和固定等各种固有技术限制，重建整个空...[作者空间]
空间转录组学 (ST) 技术使研究人员能够研究转录组在组织中的空间分布，然而联合分析多个ST切片并对齐它们以构建组织的三维（3D）结构仍然是一项挑战。2023年11月，《Na...[作者空间]
单细胞多组学技术为阐明单个细胞的基因组、表观基因组和转录组异质性的特征提供了见解。然而，它们给数据处理带来了新的计算挑战。2023年10月，《Briefings in Bio...[作者空间]
空间分辨组学技术揭示了不同生物系统中细胞的空间组织。2023年11月，《Nature Communications》发表了一种基于图的算法——SLAT，其采用图对抗匹配策略，...[作者空间]
