为了不编写perl脚本统计DNA中各碱基的数目,我采用了shell脚本直接对DNA序列进行统计。我的DNA序列如下两行:
ACTGATACGTACGATCGATA
ACAGEDDADTCGATCGASTCTA。
代码很简单就一行:
cat dna.txt | paste - - |sed 's/\t//'|grep -o .|sort|uniq -c|sort -rn
13 A
9 T
8 C
7 G
3 D
1 S
1 E
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