使用ascp向NCBI上传数据

在linux系统上使用ascp向NCBI上传数据。

上传前要填写数据信息，首先登录NCBI账号（没有需要先注册一个账号），网址：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra

登陆后点击Submit to SRA:

点击new submission后一步步填写内容，样品信息填写可以参考https://mp.weixin.qq.com/s/A78KCdcZYXKY2wjZY3NMmA

填写完之后7 Files是上传数据，有多种方式可以选择，如果数据量较小可以选择网页上传，数据量大的时候建议用Aspera或FTP上传，点击FTP or Aspera Command Line file preload后下方会出现Aspera和FTP上传的教程：

首先点击下载key file ，上传到服务器上，然后按照图中2中的命令进行上传。使用-d参数时可以新建文件夹，例如：

ascp -i ~/aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d mydatapath/* subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/mypath/resequencing

其中subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/mypath是自动生成的路径，在图中2中可以看到，resequencing就是我自己创建的文件夹了。mydatapath一定要写到/*，否则会把文件夹也传上去，导致新建文件夹下又有一个文件夹。resequencing文件夹及数据会被上存到临时文件夹中，上传成功后自动删除。