近些年来，随着基因组学和蛋白质组学等学科不断的发展壮大，各种测序手段也在不断提升，像DNA测序，转录组测序以及外显子测序已经成为生物医学研究的重要手段，科学研究已经进入了大数据时代。如果细心的同学会发现，前几年，高水平杂志上的文章多是精细的分子机制为主，但是现在的文章会时不时放出几个高大上的测序结果,让人耳目一新。特别是对一些涉及肿瘤研究的同学，各种肿瘤样本的测序结果让人应接不暇。不过还好，生物信息学的出现让这些结果变的通俗易懂，一些复杂的测序结果让科研工作者在网站上就可以简单的进行查询，相信不少同学已经收录了很多好用的数据库（不妨来显摆一下你的珍藏）。虽然我们知道如何通过网站进行查询，但是怎样去应用它发文章却无从下手，今天我就用一篇文章带大家看看别人如何使用数据库把文章发表在Nature子刊上。
这篇文章是2月21日发表在nature子刊nature immunology杂志上，影响因子为21.809，文章题目是Uncouplingprotein 2 reprograms the tumor microenvironment to support the anti-tumorimmune cycle。
一、研究背景
肿瘤是一种让人们闻风丧胆的疾病，根据最新统计，2018年全球新增肿瘤患者为2000万，死于癌症的患者高达1000万，肿瘤以其高病发和高死亡率验证威胁人类的生命健康，虽然免疫检查点阻断疗法为肿瘤患者带来希望，但是大多数人对免疫疗法不敏感。最主要原因是不同肿瘤细胞中PD-L1表达量不一致以及肿瘤微环境中T细胞浸润不足，虽然近期有大量研究表明可以使用STING激动剂或者TLR受体激动剂来诱导干扰素信号通路活化，进而导致肿瘤微环境中T细胞浸润，增强抗肿瘤免疫疗法的效果，但是这种方法会扰乱免疫稳态并且诱导自身免疫病的发生，具有一定的副作用，是否能找到一种既不扰乱免疫系统稳态又增强T细胞浸润的方法呢？作者就这个科学问题进行探究，发现UCP2蛋白可以通过增强cDC1的活性来诱导T细胞浸润。
二、研究思路和结果
首先，为了探究UCP2是否影响肿瘤的生长，作者使用TCGA数据库对UCP2进行生存分析，结果显示，UCP2高表达的黑色素瘤病人具有更好的生存率，暗示UCP2抑制肿瘤生长。
肿瘤生长受到抑制，这与免疫细胞浸润和γ-IFN的分泌是否有关呢？为了验证这个猜想，作者同样使用数据库进行免疫细胞浸润分析，结果显示，UCP2的表达和CD8+T细胞的浸润以及γ-IFN呈现正相关。
由于CD8+T等免疫细胞的浸润需要大量趋化因子（比如CXCL9、CXCL10和CXCR3）的辅助，因此，作者就想探究UCP2是否影响这些趋化因子的表达，通过TCGA数据库进行相关性分析，作者发现UCP2的表达与这三类趋化因子密切正相关。
接下来作者对机制进行探究，根据先前的报道，CXCL9、CXCL10和CXCR3三种趋化因子主要由DC细胞产生，因此作者猜想UCP2是否通过诱导DC细胞浸润来产生这三种趋化因子。BATF3是浸润DC的特异性标志物，通过分析作者证实了这一猜想，UCP2的表达与BATF3-DC的含量呈现正相关，这表明UCP2诱导DC浸润，后者分泌趋化因子来诱导CD8+T细胞浸润。
UCP2究竟如何诱导DC细胞浸润呢？DC细胞向肿瘤微环境中浸润同样需要趋化因子的辅助，比如CCL4和CCL5，接下来作者就探究UCP2是否能诱导这两种趋化因子的表达，分析结果表明，UCP2的表达与CCL4和CCL5的分泌同样呈现正相关。
至此，本文的基本思路已经成型，接下来作者就通过实验验证前面通过预测得到的实验结果。由于UCP2诱导CD8+T细胞的浸润，因子它很可能促进免疫检查点阻断剂的效果，为此，作者通过免疫组化发现UCP2高表达的肿瘤中，PD-L1的含量显著增加，并且使用PD-1抗体进行治疗时，免疫治疗效果也显著增加。
当然，这篇文章中后面还有很多验证性的实验，正文共7个figure，实验部分的工作量还是很大的：
三、总结
总结这篇文章可以看到，作者前期的实验结果都是从数据库中获得，通过不断的分析和数据挖掘，得到比较完整的课题思路：UCP2诱导趋化因子CCL4和CCL5分泌，后者导致DC细胞向肿瘤微环境中募集，DC细胞随后分泌趋化因子CXCL9、CXCL10和CXCR3来诱导T细胞浸润。后期，作者通过实验验证了前期的数据库挖掘结果，得到比较可靠的结果，这样才能发表在nature子刊。由此可见，前期对数据库的使用多么炉火纯青，小伙伴们，快动用一下你们收藏的那些数据库吧，说不定也能找到很好的课题思路，发表一篇较高水平的文章。
阅读
●如何下载并利用EndNote管理文献中的补充材料（Supplementary Materials ）？
网友评论