比对结果bam/sam/cram如何转换？

• samtools bam/sam/cram格式转换

如何计算表达丰度？

• samtools depth: 计算基因组每个位点或区域的表达丰度

Shell中变量替换字符串

b=${a/123/321} # 将变量a中第一个123替换为321
b=${a//123/321} # 将变量a中所有123替换为321

Sehll文件路径取文件名

`\basename $FILE .txt` # 取出变量FILE的文件名 (注意前面的 ` 是tab键上面与~一起的那个 ` )，并去除文件结尾的'.txt' (以文件后缀为准)

硬盘做raid

mdadm软件做的是软raid，硬raid需要额外的raid卡，并且在开机时进入BIOS去设定

Ubunutu安装软件

一般首先利用apt来安装，不行的话，用pip / conda来安装。conda尽量不要用root用户来安装。
apt-cache search software # 搜索软件
apt install software # 安装软件
apt-get install software # 一并安装软件依赖的软件

Ubuntu中加载的全局变量

/etc/bash.bashrc # 手动加载 source /etc/bash.bashrc
/etc/profile # 手动加载 source /etc/profile
~/.bashrc # 每个用户特有的，在登陆时自动加载，可通过"source ~/.bashrc"手动加载

export PATH=PATH

注意PATH后没有空格

查看环境变量的命令： env
查看软件所在位置：whereis software / which software

conda技巧

如果一路yes的安装conda，conda会改变很多环境变量，例如会替换系统中的python为conda中的python。针对这种情况，可以在安装的最后一步，选择“No”。并手动把conda中'conda / jupyter '等可执行文件链接(ln -s 等命令)到全局环境变量中。