Bowtie是一个超级快速的序列比对软件。
在前半部分讨论中我们经过去接头，质量过滤，序列压缩覆盖后得到了fasta格式的文件，接下来就可以用bowtie进行比对了。
下面以一条命令说明：
在安装完bowtie后，在目录下通常包含有几个子目录和文件（包含各种函数），子目录里面有reads和indexes，前者是包含需要比对的read文件，后者是需要比对到基因组的index，通常需要对基因组进行一个bulid-index的过程，至于常用的hg19等，bowtie网页的右半部分就有pre-index可以提供下载直接使用。下载后解压到indexes子目录下。要说明的是，除非添加路径到环境变量中，否则需要进入bowtie目录下使用bowtie函数。
接下来介绍每个参数所对应的功能：
-f：提示输入的fasta文件
-m 1 -best -strata：表示只报告一个最好的比对结果
-S(大写)：输出SAM格式文件
hg19：搜索indexes目录下的包含 hg19 文件作为输入的index。
后面就是包括指定输入的fasta文件和输出的fastq文件。
bowtie的参数选项还有非常多，不多赘述，详见：bowtie使用指南
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