GAPIT结果运算和汇总

我们GWAS常用的软件GAPIT很方便，但是如果表型数据多，将最后的数据进行汇总和处理将也是一件很麻烦的事情。这里，我尝试编写了一个小脚本，可以在GAPIT成功运行之后，将所有的result的表格进行汇总，并自动计算-logP值。可以简化最后的分析过程。

以下是代码，复制到R中即可运行。

myfiles <- Sys.glob("GAPIT*.GWAS.Results.csv")

print(paste(myfiles,"has been found")) #抓取所有名字是results的结果文档

output<-read.csv("origin_mini.csv",sep = ",",header = TRUE)

for(i in myfiles)                    #循环汇总

{new_col<-read.csv(file=i,header = TRUE,sep = ",")

tmp1<-new_col[,c(1,4)]

tmp1[,2]<-(-log10(tmp1[,2]))           #计算-logP

output<-merge(output,tmp1,by="SNP")

output<-rename(output,c(P.value=i))

}

write.csv(output,"output_-log(P).csv")         #输出csv格式汇总表格

注意：
运行之前需要进入结果的目录，CD进入目标文件夹即可。
运行还需origin_mini.csv这个初始文件，已经上传到群文件夹。
运行需要reshape这个R包。可以运行以下代码安装并加载这个包。

install.packages("reshape")
library("reshape")

我们下回再见！