学习Nature cell biology图标：离散热图+气泡图

今天水一篇文章吧，学做一篇Nature cell biology文章里面的一张图，文章中是用来表示通路富集了，当然了我还是那句话，图可以表示很多内容，就看你自己的用意了。文章图片如下：

image.png

这幅图其实是叠加图，底层是一个离散型热图，上层是一个气泡图，气泡大小表示富集基因的多少，热图则表示通路的FDR。

读入通路富集结果，并对P值分类。

setwd("E:/生物信息学/GO多组气泡图")
A <- read.csv("GO多组气泡图.csv",header=T)
A$p <- ''
A$p[which(A$Padj <1.37e-06)]='<1.37e-06'
A$p[which(A$Padj <8.40e-15)]='<8.40e-15'
A$p[which(A$Padj <3.86e-16)]='<3.86e-16'

作图：

library(ggplot2)
ggplot(data=A,aes(x=Group,y=Description))+
  geom_tile(aes(fill=p),
            color="black")+
  geom_point(aes(size=GeneRatio), color="orange")+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        #legend.title = element_blank(),
        axis.text.x = element_text(angle=45,hjust=1))+
  scale_fill_manual(values = c("#b8b8b8","#4b4b4b","#242424"))+
  labs(fill="FDR")

image.png

为什么我们做的图有些框框没有，是因为有些组没有的通路我们直接略了，所以没有显示结果，如果要做到和文章中一样，可对这些地方填充。

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