统计每个碱基的测序深度

开始我是用 bedtools coverage 统计。但是 bedtools coverage 用起来有些麻烦，你要先根据你的基因组和区域去制作 bed 文件，还需要将 BAM 文件转换到 bed 文件。后来找到了 mosdepth 这个软件非常简单好用。

推荐使用 conda 安装。软件命令格式是。

Usage: mosdepth [options] <prefix> <BAM-or-CRAM>

生成的结果文件中 {prefix}.per-base.bed.gz 是每个碱基的深度统计，像这样：

GQ994935.1      0       22611   0
GQ994935.1      22611   22776   1
GQ994935.1      22776   28626   0
GQ994935.1      28626   28630   1
GQ994935.1      28630   28635   3
GQ994935.1      28635   28641   4
GQ994935.1      28641   28729   5
GQ994935.1      28729   28780   6
GQ994935.1      28780   28787   5

如果用 bedtools coverage 结果文件是这样：

GQ994935.1      0       250     1       1
GQ994935.1      0       250     2       1
GQ994935.1      0       250     3       1
GQ994935.1      0       250     4       1
GQ994935.1      0       250     5       1
GQ994935.1      0       250     6       1
GQ994935.1      0       250     7       1
GQ994935.1      0       250     8       1
GQ994935.1      0       250     9       1
GQ994935.1      0       250     10      1
GQ994935.1      0       250     11      1
GQ994935.1      0       250     12      1
GQ994935.1      0       250     13      1
GQ994935.1      0       250     14      1

4列表示以下信息

• 落在区间内(至少1碱基overlap)的总reads数目
• 区间内非0覆盖度碱基数
• 区间长度
• 非0覆盖度比例