Trimmomatic 安装及初步使用

mkdir Trimmomatic#新建文件夹

cd Trimmomatic#进入文件夹

wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip#下载软件

unzip Trimmomatic-0.38.zip# 解压文件

ll

cd Trimmomatic-0.38#进入文件夹

which java#找java；返回值   /usr/java/jdk-15.0.2/bin/java

  pwd#目前位置：/root/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38

 ls#trimmomatic-0.38.jar

/usr/java/jdk-15.0.2/bin/java -jar /root/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar -help

cd SRR1825955#转移到存储SSR文件位置

ll

/usr/java/jdk-15.0.2/bin/java -jar /root/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 SRR1825955_1.fastq.gz SRR1825955_2.fastq.gz  output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

使用

单末端测序数据：

trimmomatic SE -phred33 input.fq.gz output.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-SE:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

双末端测序数据：

trimmomatic PE -phred33 input_forward.fq.gz input_reverse.fq.gz output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

常用参数：

-threads 线程数，最大是CPU核数

-trimlog 生成日志名，强烈建议不开这个参数，生成的log文件巨大且大多数情况下，你是不会看的

-quiet 静默模式

与其他软件命令不同，Trimmomatic提供了多种修整步骤：

ILLUMINACLIP：从reads中剪切adapter和其他Illumina特定序列。

SLIDINGWINDOW：执行滑动窗口修剪，一旦窗口内的平均质量低于阈值，则切割。

LEADING：如果低于阈值质量，则在reads起始处剪切碱基

TRAILING：如果低于阈值质量，则在reads末尾处剪切碱基

CROP：将reads从末尾切割为指定长度

HEADCROP：从reads剪切后低于指定长度，则删除

MINLEN：如果reads低于指定长度，则删除

TOPHRED33：将质量得分转换为Phred-33

TOPHRED64：将质量得分转换为Phred-64

USADELLAB.org - Trimmomatic: A flexible read trimming tool for Illumina NGS data