1.sed命令在文件行首行尾添加字符

问题表述：要在文件的每一行行首或行尾添加字符

实例：
在每行的头添加字符，比如"HEAD"，命令如下：

sed 's/^/HEAD&/g' test.file

在每行的行尾添加字符，比如“TAIL”，命令如下：

sed 's/$/&TAIL/g' test.file

可以把两条命令和在一起，在test.file的每一行的行头和行尾分别添加字符"HEAD"、“TAIL”，命令如下：

sed '/./{s/^/HEAD&/;s/$/&TAIL/}' test.file

注：

1."^"代表行首，"$"代表行尾

2.''s/$/&TAIL/g''中的字符g代表全局替换

3.导出文件，在命令末尾加"> outfile_name"

2.window和linux文件的回车换行

问题表述：Unix系统里，每行结尾只有“<换行>”，即“\n”；Windows系统里面，每行结尾是“<换行><回车>”，即“\n\r”。一个直接后果是，Unix系统下的文件在Windows里打开的话，所有文字会变成一行；而Windows里的文件在Unix下打开的话，在每行的结尾可能会多出一个^M符号。
windows文件在Linux上打开时每行末尾都有^M符号，而这通常是看不出来的。可以用"cat -A test.file"命令查看。

将windows文件转换为UNIX格式解决办法：

1.命令：

dos2unix filename

2.去掉"\r" ，命令

sed -i 's/\r//' filename
#/r 可用^M 代替，^M的输入方式是 Ctrl + v ，然后Ctrl + M 
#sed -i ‘s/^M//g' filename

3#vi filename

:1,$ s/^M//g
#^M 输入方法： ctrl+V ,ctrl+M

4.cat

cat filename |tr -d ‘/r' > newfile
#^M 可用 /r 代替

3.gz、tar.gz、bz2文件的批量解压

#gz
ls *.gz | xargs -n1 gzip -d
#tar.gz
ls *.tar.gz | xargs -n1 tar xzvf
#bz2,可解压当前目录下的所有bz2文件，maxdepth表示搜索深度，1代表只搜索当前目录
find -maxdepth 1 -name “*.bz2″|xargs -i tar xvjf {}

想保留压缩文件可以指定输出gzip -d filename.gz > filename

4.sort排序

问题表述：对vcf文件进行染色体排序时，发现chr10会排在chr2的前面，可以使用参数-V另外也想第二列在染色体上的位置也进行排序
，可以使用参数-k,使用命令如下：

sort -V -k1,2 filename > filename2

#sort参数
    -f：忽略大小写；
    -b：忽略每行前面的空白部分；
    -n：以数值型进行排序，默认使用字符串排序；
    -r：反向排序；
    -u：删除重复行。就是 uniq 命令；
    -t：指定分隔符，默认分隔符是制表符；
    -k [n,m]：按照指定的字段范围排序。从第 n 个字段开始，到第 m 个字（默认到行尾）；

持续更新中··········