下列脚本表示对物种为牛的mydata_raw SNP数据进行质控。
plink
--cow \
--file mydata_raw \ # --bfile mydata_raw
--mind 0.1 \ # 删除分型缺失率大于某阈值的个体
--geno 0.05 \ # 删除分型缺失率大于某阈值的位点
--maf 0.01 \ # 删除次等位基因频率低于某阈值的位点
--hwe 0.000001 \ # 删除HW平衡检验p值低于某阈值的位点
--recode \
--out mydata_raw_qc \
--noweb
下列脚本表示对物种为牛的mydata_raw SNP数据进行质控。
完成标记开发后，会得到基因型数据，首先要对基因型数据进行统计，用到的工具是plink，安装及基础用法见链接：pli...
主要使用plink和structure： 1、在snp-calling后得到vcf文件 2、基因型填充： http...
问题描述 :初始群体基因型文件过大，除了通过质控来过滤部分数据外，发现群体基因型中部分个体无表型（在后期分析过程中...
vcftools --vcf my.vcf --plink --out plink plink--noweb--f...
plink文件类型 Plink常见格式有五种：ped，map，bed，fam，bim PLINK接受VCF文件作为...
一、vcf文件格式转换 转换成plink格式 注意：plink2treemix.py[http://plink2t...
1.Home键+R，打开cmd 2.转到plink所在的位置 3.输入plink运行，这样就可以啦 plink文件...
在拿到一组snp数据时，首先应该想到要对snp数据的质量进行检测和控制。然后再考虑这组数据该怎么分析，如何分析。s...
下面的资料是关于C++算法之链表重合的代码。 { while(pLink){ if(pLink == ...
本文标题：Plink基因型质控
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/iyekjltx.html
网友评论