质谱（mass spectrometry, MS）是一种电离化学物质并根据其质荷比进行排序的分析方法，其结果通常以质谱图的形式呈现，带电原子、分子或分子碎片按质量的大小顺序排列。
一级质谱和二级质谱有什么区别?
一级质谱鉴定的方式主要指肽指纹图谱(peptide-mass mapping, PMF)，即利用质谱仪精确测量酶解片段的分子量并通过搜库比较对蛋白质进行鉴定，二级质谱是在一级质谱的基础上再选择部分肽段做进一步的破碎并对碎片进行深入分析和比较，鉴定出该肽段的序列并结合PMF的结果从而实现蛋白质的鉴定。
二级质谱能够得到部分肽段的序列，具有更高的可靠性。随着期刊对数据的要求越来越严格，二级质谱鉴定是蛋白鉴定的大趋势，而且即使目前做一级质谱鉴定的结果，也需要挑选部分PMF结果做二级质谱验证。
平行反应监测（Parallel Reaction Monitor, PRM）是一种基于高分辨、高精度质谱的离子监视技术，能够对目标蛋白质、目标肽段（如发生翻译后修饰的肽段）进行选择性检测，从而实现对目标蛋白质/肽段的定量。在PRM技术中，会同时用到一级质谱和二级质谱。在一级质谱中（Q1）选择性地检测目标肽段的母离子信息；随后在collision cell中对母离子进行碎裂；最后利用高分辨、高质量精度分析器在二级质谱中检测所选择的母离子窗口内的所有碎片的信息。这样即可对复杂样本中的目标蛋白质/肽段进行准确地特异性分析。
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