DEseq原理

作者: 蜘蛛鱼 | 来源:发表于2020-03-11 23:32 被阅读0次

DEseq原理
DESeq找差异基因+火山图
DESeq2作PCA分析
edgeR和DESeq2原理分析
DESeq2的shrink(以apeglm为例)
MAC安装DESeq2报错及解决方案
RNA-seq数据计数矩阵标准化
DESeq 与 sva 矫正批次效应的原理
RNASEQ分析入门笔记8-使用DESeq2进行表达差异分析
DESeq2数据校正算法

DEseq能解决的问题：

Differences in library sizes
Differences in library composition

DEseq中首先计算量化因子(size factor, SF)。其方法是首先计算每个基因/peak在所有样品中表达的几何平均值。每个细胞/样本的量化因子是所有基因/peak在与所有样品中的表达值的几何平均值的比值的中位数。由于几何平均值的使用，只有在所有样品中表达都不为0的基因才能用来计算。这一方法又被称为RLE（relative log expression）。

DEseq原理
DEseq能解决的问题： Differences in library sizes Differences in ...
DESeq找差异基因+火山图
一 DESeq DESeq的原理是什么以后会慢慢补坑，这次先上代码.此次用的是TCGA的肝癌数据接下来，把fol...
DESeq2作PCA分析
首先参考这篇文章理解PCA的原理。接着参考这个教程熟悉DESeq2的用法。下面直接上我的例子，用DESeq2作P...
edgeR和DESeq2原理分析
http://www.360doc.com/content/18/0815/22/57890290_7785795...
DESeq2的shrink(以apeglm为例)
DESeq2对logFC会有一个shrink的过程，我们以apeglm为例：step 1：创建deseq对象 st...
MAC安装DESeq2报错及解决方案
在R环境中安装DESeq2 1、安装DESeq2基本语法： 2、报错信息我的系统是MacOS 10.10.5，执...
RNA-seq数据计数矩阵标准化
7种常见的标准化方法，它们分别是：所有这些方法又可根据其原理而分为两类，第一类基于库的大小(TMM，DESeq)...
DESeq 与 sva 矫正批次效应的原理
代码我们先上代码：我们注意到，用DESeq矫正批次效应中有一步，利用svaseq()来构造替代变量完成批次效应...
RNASEQ分析入门笔记8-使用DESeq2进行表达差异分析
基因的差异表达分析，通常使用R中的软件包，包括：DESeq2，edgeR，limma等，今天介绍DESeq2的分析...
DESeq2数据校正算法
DESeq2常常用于RNA-Seq数据分析,也有用于微生物组数据分析的。DESeq可以直接处理FPKM、FTPM、...