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基因解读网站推荐

基因解读网站推荐

作者: 小木仙 | 来源:发表于2016-12-17 23:32 被阅读0次

        通过日益完善的基因检测技术我们发现了肿瘤中各种基因变异,包括点突变、小片段插入、缺失,基因拷贝数变异,基因融合等等。而如何揭晓这些基因变异对于我们临床治疗的意义,从哪些方面去分析患者的检测结果,今天向大家推荐一个德克萨斯大学安德森癌症中心(University of Texas MD Anderson Cancer Center)专业网站https://pct.mdanderson.org,让我们跟随美国癌症专家开始寻宝之旅,看看这个网站帮我们带来哪些精彩内容。

网站简介

       首先了解一下该网站的整体构架,这个网站提供了目前比较热门的十几个靶向药物的肿瘤基因相关信息的全面展示,每个基因从基因概况、基因变异的主要形式、基因变异在不同癌种的分布频率和功能、相关临床用药指导、靶向药物列表、相关临床试验6方面进行解析。

基因概况:简单介绍该基因编码的蛋白以及其所在信号通路,该基因的生物学意义和与癌症发生发展之间的关系。

基因变异的主要形式:会介绍该基因体细胞突变的不同形式(点突变、拷贝数变异和基因融合)的生物学意义以及和靶向药物敏感性和耐药性之间的关系,可以搜素到常见的热点突变哦。同时还有胚系突变的相关信息。

基因变异在不同癌种的分布频率和功能:会介绍该基因突变常见于哪些癌种,常见的热点突变的形式,同一个突变在不同癌种中有时是不能一概而论的,肿瘤就是那么复杂。

相关临床用药指导:会根据不同的证据等级推荐相关靶向药物。证据等级由高到低分为3级。

1级(高级证据):1A指FDA批准该药物用于携带该基因变异的适应症;  1B指一项基于基因筛选入组的、具有显著性差异、前瞻性的临床研究或者meta分析的支持证据。

2级(中级证据):2A指在本癌种中进行的具有显著性差异、前瞻性的临床研究的支持证据。或 者是相关的回顾性研究或者病例对照研究; 2B指在非本癌种中研究得出的相关支持证据。

3级(低级证据):3A指来自于个案报道的证据; 3B指来自于临床前期证据,来自肿瘤细胞系或肿瘤动物模型的证据。

靶向药物列表:提供相关上市和临床试验阶段的靶向药物

临床试验列表:提供基因变异筛选入组和基因变异相关的临床试验,临床试验信息来自MDAnderson中心的临床试验数据库或美国临床试验数据库ClinicalTrials.gov中检索。


这个网站不仅仅提供了很强大的知识信息库,同时还在如何解读基因变异方面给我们展现了一个清晰地思路哦。

如何判断基因变异和肿瘤发生和发展的关系

判断一个点突变是否参与了肿瘤发生的过程,可以主要从以下两方面入手:

(1)基因变异的频率一般而言,在肿瘤细胞系、肿瘤动物模型或者肿瘤病人发生频率较高的基因变异,很可能是促进肿瘤发生的基因组事件。 我们通过公共的癌症体细胞突变数据库比如COSMIC(http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic)、cBioPortal(http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp)还有自己本地癌症患者的基因变异的数据库,去明确基因变异的发生频率。

(2)基因变异的生物学意义 通过MEDLINE数据库和自然语言处理(NLP)技术高通量和整理检索文献,手动审阅和记录基因变异的临床前实验的结果,力求阐明是否有实验证据表明某个基因突变是否参与了肿瘤发生的细胞过程。 将这些位点分为致病性(促进肿瘤发生)和良性(不促进肿瘤发生)。

基于以上两点,在任何肿瘤样本中有过记录的位点或者有明确生物学意义的位点,我们都应该指出。

如何判断基因变异和靶向药物的敏感性和耐药性的关系

(1) 收集适用的药物列表 FDA批准的靶向药物的说明书和伴随诊断是我们获得已经上市药物信息的不二来源,而相关临床试验药物列表如何获得呢?以下的这些网站可以帮助我们收集相关的靶向药物信息,如一些公共的数据库美国国家癌症研究院的药物词典NCI Drug Dictionary (www.cancer.gov/drugdictionary),DGIdb-Mining the Druggable Genome(dgidb.genome.wustl.edu),或者一些信号通路抑制剂的供应商网站如selleck公司网站( http://www.selleck.cn/),此外还有就是最新的一些相关信号通路抑制剂的文献。我个人比较推荐NCI的药物词典,毕竟权威性比较高,而且对药物的介绍也比较详细,还能链接相关的临床试验,是不是很强大。

(2) 如何判断基因变异和靶向药物敏感性和耐药性之间的关系 通过MEDLINE数据库和自然语言处理(NLP)技术高通量和整理检索文献,我们整理出携带某些特定基因变异的肿瘤或肿瘤细胞系对药物的敏感性或者耐药性的影响。 然而目前关于特定基因变异与药物敏感性或者耐药性的针对性文献是比较缺乏的,大部分研究更多集中在某基因多种突变与药物反应与之间的关系,而不是与该特定基因变异之间的关系。

      我个人是比较喜欢和推荐这个网站的,该网站对基因变异的解读是比较全面和有层次感,每次解读病人的一些不是很明确的基因位点时,我也感到一种无力感,毕竟现在基因变异和肿瘤临床治疗之间的转化还处于初期阶段,我们应该给药物分级,有些是推荐药物(证据等级高),有些是参考药物(证据等级偏低),希望此文分享对大家能有帮助。

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