转录组练习（1）

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安装bioconda:

去官网下载和自己电脑系统一样的版本

https://conda.io/miniconda.html

image.png

下载完后，双击解压，然后cd 到文件目录，开始安装。

# 安装bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

之后会要求看一个license，和安装环境路径，输入yes 就好。

激活

source.bash_profile# 查看是否安装成功conda

image.png

出现上图代表安装成功

bioconda 是conda 上一个分发生物信息的频道，所以需要创建一些channels.

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels defaults

conda config --add channels r

conda config --add channels bioconda

安装完channels后 需要更新miniconda

conda update conda

安装配置软件：

-sratoolkit

教程上用的Linux方法，mac会报错，建议使用以下方法。

方法一（别人可以，我的不行）：

conda install -c bioconda sra-tools=2.8.1

方法二（亲测可行）：（务必先安装homebrew，这个可是神器啊，一般安装不了是因为缺少Xcode，先把这个装了，用下面的链接就好）

ruby -e “$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)”brew install wgetbrew tap homebrew/sciencebrew install sratoolkit

余下的安装很简单没报错

conda install fastqc

conda install hisat2

conda install samtools

conda install -c bioconda htseq

conda install r

conda install rstudio

参考文献

http://www.biotrainee.com/thread-1796-1-1.html

http://www.biotrainee.com/thread-1800-1-1.html

整个分析流程：