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Pancancer之肿瘤的细胞系模型转录组综合分析

Pancancer之肿瘤的细胞系模型转录组综合分析

作者: 熊逸Byron | 来源:发表于2019-06-27 07:02 被阅读2次

这篇文章发布于BioXiv。文章分析不难,解决的问题很有意思:我们通常使用细胞系来进行体外实验的验证,但是这些细胞系是否真的能够模拟原发肿瘤组织的生物学特点呢?作者的思路很清晰,利用TCGA数据库和CCLE数据库,评估细胞与肿瘤组织的相关性,并进行下游的转录组学分析,最终得到了所谓的TCGA-110,就是说与各类原发肿瘤相关度最高的细胞系类型。这些细胞系可以进一步进行生物学实验分析。

作者研究的流程图。

TCGA与CCLE数据相关性分析

分析

常规的转录组下游

作者最后留下了一个网页工具,方便下载感兴趣的数据

http://comphealth.ucsf.edu/TCGA110

参考:

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/422592v2.abstract

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