和火山图杠上了---复现SCI文章火山图

这次真的和火山图杠上了，我就不信了还复现不完奇奇怪怪的火山图？在一篇文章中看到了一种呈现方式，其实大同小异，但是还是练习下有些画法。此外，小伙伴们又看到新奇的火山图，可截图联系我们，争取将火山图打下来。

image.png

来源：[1]S García-Silva, A Benito-Martín, S Sánchez-Redondo, et al. Correction: Use of extracellular vesicles from lymphatic drainage as surrogate markers of melanoma progression and BRAF V600E mutation[J]. Journal of Experimental Medicine, 2019, 216(5):jem.2018152204162019c.

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示例数据的获取：
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注意：不过此篇帖子的示例数据用的是之前的帖子：（ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因）。不想入群的话购买这个帖子即可获取数据，而且也可以学到其他的火山图做法，一箭双雕！

加载数据和ggplot2

setwd("E:/生物信息学/ggplot火山图")
df <- read.csv("DEG.csv",header = T)
library(ggplot2)

接下来作图即可。需要完成的是画出散点图，加上分割线，还有对不同的区域填充颜色，这个做法我们之前的文章提到过（不好好做图的NSC系列(八):ggplot2重现Nature文章多组柱状图+散点，这是一场硬仗），最后在合适位置加上文字标注即可。

#画图
library(ggplot2)
ggplot(df, aes(x=avg_log2FC, y=-log10(p_val_adj))) +
  geom_hline(aes(yintercept=1.3), color = "#999999", linetype="dashed", size=1)+
  geom_vline(aes(xintercept= -0.25), color = "#999999", linetype="dashed", size=1)+ 
  geom_vline(aes(xintercept= 0.25), color = "#999999", linetype="dashed", size=1)+
  geom_rect(aes(xmin=-Inf,
                xmax=-0.25,
                ymin=0,
                ymax=Inf),
            fill='blanchedalmond',color='grey90')+
  geom_rect(aes(xmin=Inf,
                xmax=0.25,
                ymin=0,
                ymax=Inf),
            fill='blanchedalmond',color='grey90')+
  geom_point(size=3, shape=21, color="black") + 
  labs(x = "Log2 fold change",y = "-Log10(P-value)", title = "") + 
  theme_bw() +
  theme(panel.grid.major=element_blank(),
        panel.grid.minor=element_blank(),
        panel.border = element_blank(),
        axis.line = element_line(colour = "black",size = 0.5),
        axis.title =element_text(size = 14),
        axis.text =element_text(size = 12, color = "black"))+
  annotate("text", label = "Down-regulated DEGs\nin treatment", 
           x = -2.2, y = 250, size=5)+
  annotate("text", label = "Up-regulated DEGs\nin treatment", 
           x = 2.2, y = 250, size= 5)

image.png

今天的分享就到这了，欢迎小伙伴发图，一起把他啃下来！