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分析测序杂合度

分析测序杂合度

作者: 记号晴系 | 来源:发表于2019-03-25 16:34 被阅读0次

因为minia使用会断,不知道为何,而reduands安不上服务器,
故想着使用soapdenove2组装
第一步是质量控制,用fastp即可
二,基因杂合度。
home/train/biosoft/gce-1.0.0/kmerfreq/kmer_freq_hash/kmer_freq_hash
-k 17 -l read_list -i 450000000 -t 64-p species &> kmer_freq.log
home/train/biosoft/ gce-1.0.0/gce -f species.freq.stat
-c 41 -g 268799832 -m 1 -D 8 > species.table 2> species.log
三,建树

max_rd_len=100
[LIB]
avg_ins=300
reverse_seq=0
asm_flags=1
rd_len_cutoff=100
rank=1
q1=mh1_1.fq
q2=mh1_2.fq
soapdenove2 配置文件
组装代码

/home/train/biosoft/SOAPdenovo2-r241/SOAPdenovo-127mer all -s config.txt -o out_mh -K63 -p 64 -d 2 -R -k 45 -F -L 65 1> ass.log 2> ass.err &

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