cpm计算

作者: 致知_5974 | 来源:发表于2019-10-16 23:18 被阅读0次

CPM count-per-million 每百万剪辑中每个转录本的coun值,对read count相对总reads数做数量的均一化,去除文库大小差异。
eg计算x条read在总文库中的比例,再乘以100万,就是一百万大小的文库中对应的read树,最后的结果需要log2一下。
计算方法很简单,有R包(edgeR)

dat=log2(edgeR::cpm(dat)+1)

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