1. 基本步骤
- 数据输入和清洗
- 网络构建和模块检测
- 量化模块和样本性状的关系
- 挑出感兴趣模块内部的基因
- 可视化TOM矩阵
- 将网络导出到外部数据进行可视化
2. 加权共表达网络的类型
- signed or unsigned
- 一般使用 unsigned，因为不论是正相关还是负相关都是我们所关心的，但对于特殊的生物学故事可能需要使用 signed
- 目前据我所知使用以下函数时需要设置加权共表达网络类型（默认是 unsigned）
pickSoftThreshold()blockwiseModules()adjacency()TOMsimilarityFromExpr()TOMsimilarity()
3. 注意事项
- 样本数建议不少于 15
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