hisat，你好快！

为什么这个文章是这样的编辑格式，因为我还不会用markdown！

或许，明天就会了，或许今天下午就会了，O(∩_∩)O哈哈~

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title: "Linux下安装Hisat"

author: "赵霞"

date: "2018年5月11日"

output: html_document

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#在其位，谋其职，尽其责

  因为在这个岗位，所以别人想当然认为，你一定会这个。

  所以，我一定就要会这个！不会就是失职！这样的心态下，近乎抓狂地突击各项技能，从爬虫到遗传分析，从病毒到肿瘤分析， 从办公窍门到科研技能~，每天杂事多，时间碎片化严重，整个学习过程都是蜻蜓点水，浅尝辄止，但学思并重还是有的~

  以目前自己的生活和工作境况推测，碎片时间的学习将成为今后很长一段时间的主导学时方式。

#现在不会，不等于永远不会

  之前有学生让比对一个细菌的基因，我就想安装一个本地blast，但是卡在环境变量设置上，至今没有解决这个学生的问题，但是今天过后，就很快能解决了。

##当你不断犯错，重复犯错到闭着眼睛都能熟练输出代码，就离会不远啦！

#一则快讯（2015年3月17日）

  新年伊始，RNA-Seq的数据分析方法就如雨后春笋般涌现。在最近的一个月内，三篇介绍RNA-Seq数据分析新方法的文章发表在Nature集团旗下的刊物上，其中一篇发表在《Nature Methods》上，另外两篇都发表在《Nature Biotechnology》上。

  有趣的是，这三篇文章都有一位共同的作者，那就是约翰霍普金斯大学计算生物学中心的Steven Salzberg。Salzberg是生物信息学和计算生物学领域的杰出科学家，在基因组组装上经验丰富，曾参与人类基因组计划。自新一代测序出现以来，他和他的团队开发了一系列应用程序，其中Bowtie和TopHat程序被广泛下载和引用。

  这三篇文章分别介绍了三种新工具：HISAT、StringTie和Ballgown。它们分别取代了Salzberg之前开发的早期工具，为RNA-Seq的原始读取到差异表达分析提供了一种全新的方式。

  HISAT全称为Hierarchical Indexing for Spliced Alignment of Transcripts，由约翰霍普金斯大学开发。它取代Bowtie/TopHat程序，能够将RNA-Seq的读取与基因组进行快速比对。这项成果发表在3月9日的《Nature Methods》上。

  ##hisat下载

```{r}

wget http://ccb.jhu.edu/software/hisat/downloads/hisat-0.1.5-beta-source.zip

```

  ##解压缩

```{r}

unzip hisat-0.1.5-beta

```

  ##安装1 make一下

```{r}

make

```

  ###改个名字

```{r}

mv hisat-0.1.5-beta hisat

pwd

```

  /home/zhaoxia/app/hisat

  ##安装2 添加环境变量

```{r}

vi ~/.bashrc

```

  ###在文件末位添加：

```{r}

export PATH=/home/zhaoxia/app/hisat:$PATH

```

  注意“=”前后不要有空格

  保存，退出vi

  ###让配置生效

```{r}

source ~/.bashrc

```

  ###然后就能直接用了

##建立基因组索引

```{r}

hisat2-build –p 4 NC_002516.fa PAO_hisat_index

```

##开始比对！

```{r}

hisat -x PAO_index -U ../phiyy-12/PAO1r3_1.fq.gz -1 PAO1r3_2.fq.gz -S PAO1_12_3.sam

```

头发长，见识少，感觉神速，一两分钟完成，

以前用的现成的软件比如斯巴达之类，慢得哭

最后，致谢沈伟的指导！致谢Mr Zou的Linux指导