2020-02-02 关于ensembl ID的转换

一开始使用clusterProfiler,lost mapping 的达到 29%
后来换biomaRt来转换，结果感人，还是clusterProfiler好点，能有7成

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######富集分析#######
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library(clusterProfiler)
准备geneList   # ENTREZID + logFC
#ID转换
EntrID <- bitr(rownames(plot_df),         
               fromType = "ENSEMBL",  
            toType = c( "ENTREZID"),
            OrgDb = "org.Mm.eg.db")

#############试了下biomaRt转换，结果更糟糕！#####################
library(biomaRt)
listMarts()  #看看有多少数据库资源
ensembl <- useMart("ensembl")
listDatasets(ensembl) #看看选择的数据库里面有多少数据表，这个跟物种相关
  mart <- useDataset("mmusculus_gene_ensembl", useMart("ensembl"))
genes <- getBM(
  filters="ensembl_gene_id",
  attributes=c("ensembl_gene_id", "entrezgene_id"),
  values=rownames(plot_df), # ensembl ID 输入 
  mart=mart) # 前面选好的的数据库
sum(!is.na(genes$entrezgene_id)) #日了狗，NA值这么多，只有15935个mapping到EzID
sum(is.na(genes$entrezgene_id))/sum(!is.na(genes$entrezgene_id)) #只有6成1。。。
genes_biomaRt <-na.omit(genes) 
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