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python flask开发的生信Web-FLASKI

python flask开发的生信Web-FLASKI

作者: 凯凯何_Boy | 来源:发表于2022-03-08 13:13 被阅读0次

最近在一篇文献的材料方法中看到火山图用到了Flaski这个工具,出于好奇就google了一番,发现这竟是一个基于python falsk搭建的一个web应用,还上传了不少下游分析中的工具,比如火山图、PCA、小提琴图、DAIVD注释之类的,登录后右上角简单注册即可,目前有二十个工具可使用。。

Science,2022,Xianhe Li et al image-20220228103311108

作者将示例教程上传到了Youtubu上,可以通过科学上网浏览一下,根据视频内容修改文件为对应的格式上传提交即可出图,作者应该还在陆续制作中。。

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这里简单展示几个

火山图

示例文件还是老三样:基因ID,log2foldchange,Pvalue,感兴趣的基因增添一列即可。

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KEGG分析

这个功能我比较喜欢,可以通过我们提供的代谢物ID号,批量查询所处的通路,研究代谢组可能会常用到~

上传文件格式只需要三列:化合物的HMDB号(人类代谢组数据库)、colour、compound。

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有时候我们代手里的ID可能是KEGG中的Compound号(C+五位数字),这里再推荐大家一个化合物ID转换的网站,也比较方便,基本代谢物种各种类型的ID都涵盖的有了。

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之后粘贴数据,然后选择物种(目前只支持4种模式物种:人、鼠、线虫、果蝇),点击Submit后右侧就会直接给出注释到代谢通路名称及kegg的链接,贴心的是有reference pathway和species pathway两种,所以这里即使研究的其他非模式的物种,只要有ID号,也可以参考reference 的结果

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我们复制一个通路链接看下,可以看到提供的代谢物在通路里高亮显示,颜色就是输入文件所提供的颜色

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其他的功能大家就自己去探究吧~

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