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2022-04-09浅谈基因编辑的思考

2022-04-09浅谈基因编辑的思考

作者: 谢俊飞 | 来源:发表于2022-04-18 19:30 被阅读0次

我们实验室的师兄,早在2015年就开始了昆虫基因编辑研究,算是开展的比较早的。然而团队整体的进度相对缓慢,那些起步晚的团队都发了不少文章后,我们团队才陆续有一些功能研究的文章产出。这其中问题诸多,好在建立了一个可供应用的技术平台。
而我在研究miRNA中,利用传统的抑制剂并没有预期效果,又考虑到师兄即将毕业,就把中心开始转移到这上面,希望借助基因编辑的技术,来实现敲除miRNA的功能研究。一开始我的想法也是很简单,就是利用这个工具,来开展自己的研究,但是一路走来发现,碰到的问题也越来越多,尤其是对于编码基因的mRNA和非编码RNA问题上,这些诸多的问题,都迫使我不断的思考,开始反推技术的问题。也都是私下小规模的实验,因为我不敢汇报,这在导师的眼里,就是偏离了我的研究主战场。
其一,无意间发现,过去失败的症结就在于注射浓度。无意间提高剂量后才开始出现了突变体。后来才意识到,起初师兄们建立的平台只是证明了技术的可行性,并未对技术本身做优化,如注射的剂量等具体实验参数。
其二,过去的鉴定突变流程过于笼统,也没有针对此多深入的细致分析。所有后来就有了我总结归纳的一些列鉴定突变的流程,包括快速的DNA提取技术、突变鉴定方法、基因组SNP位点问题、突变体筛选流程等等。
过去就发现,有些sgRNA几次合成,体外切割活性居然差距颇大,我曾在笔记中写到,导致这种差异的可能原因是sgRNA的二级结构和基因组DNA的结构和碱基序列造成切的。然而并没有进一步深入思考,以及如何改善。直到后来无意间看到的Nature communication上的文章,才发现原来自己注意到的种种可能已经早在3年前发表了。并且在2021年的NC也提出了解决这些抗编辑问题的解决办法,索性试验了一下果然奏效。才恍然大悟,一味循规蹈矩,遵循之前的套路,没有关注技术本身的进步,用的都是陈旧的体系和方法(通过设定T-lock sgRNA scaffold序列,可以解决这些问题)。
再回到非编码RNA功能研究,很大区别于编码蛋白的RNA,两者是完全不同的,有些地方甚至考虑的比mRNA要更长远一些。突变mRNA序列可以导致移码突变,缺乏蛋白行使功能。但是非编码RNA照样转录加工。
……
真的是感慨万千,科研最忌讳一成不变的套路,缺乏对问题的深入思考,这个已证实的工具,在到了自己手上居然变出了如此多的待完善的地方,再一次提醒自己,做研究,要保持独立精神,探索精神,批判精神,全盘照抄是做不出成果的。只有弯下身去,洞察其中的细枝末节,才能看到更为具体的,去优化、去完善,让工具变得更加顺手,一点点的进步都是了不起的。再看当下的基因编辑研究中,无非是在这个工具的基础上做点缀优化。
只恨自己领悟晚了,进步也太慢了,半只脚已经踏出了校门了,才幡然悔悟到这些。

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