感觉tbtools，CJ大神最新开发的几个有料小插件确实大大简化了RNA-seq定量的流程。通过go分析发现过氧化物酶基因被广泛上调。通过亚定位分析发现大量过氧化物酶定位在细胞外。于是想看看相应的工作有没有人做过。
很好，已经有人做过了。结果可以直接拿来看看。
等等，这个ID不太对！
于是去Triticeae Multi-omics Center（http://202.194.139.32/）搜索了一圈这个ID什么名堂。
目前最好的小麦browser
找到了，是14年发布的IWGSC_MIPSv2.2……崩溃。这是9012年的文章么
找到了
ID只能一个一个转换，转换不过去的只能靠blast找一找了。多数都能找到最后打包成一个表格。最后匹配上的有226个（包括一些LC结果）。然后去Crop-pal去找找。
网页很简单，
https://crop-pal.org/factsheet/ 加上 transcript ID （如：TraesCS1B01G214800.1）加上 .html就能打开了
例如：
https://crop-pal.org/factsheet/TraesCS1B01G214800.1.html
转换后拿自己的结果去搜索。居然找不到？
回头去看文章，人家标题明确说了：
Genome-wide and evolutionary analysis of the class III peroxidase gene family in wheat and Aegilops tauschii reveals that some members are involved in stress responses
好吧，原来还有好多类的……看来想了解这些只能自己动手了……
去NCBI找了个peroxidase
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/CAA37713.1
拿去ensembl做blastN和blastP
blastP还好找到203个。
但是blastP……3715个！将gene ID拖到excel里去除重复结果，通过uniprot保存鉴定为peroxidase的结果得到638个ID……
噩梦还没结束……再在uniprot搜索peroxidase，物种设定为小麦
peroxidase AND organism:"Triticum aestivum (Wheat) [4565]"
搜索获得966个……彻底崩溃……哈酒去了，梦里啥都有……希望有生之年能给这些基因做个分类吧……
2020年8月21日
参考前人的文章基因家族分析——TBtools
大致设计实验思路如下：
其中uniprot，blast，hmm检索结果经过合并删除相同ID等操作最终剩下640个ID……
总算减少了不少……但看hmm的结果，右下角是0，这意味着hmm的结果完美被uniprot+balst的结果包含。考虑一下还是用697个结果做做看了。
接下来是Batch Smart和Batch CDD （iD： QM3-qcdsearch-275F3D9222D882A9）
通过保守区域筛选又筛掉了一部分。
还剩下608个……之前别人看群里问的问题获得一些新的想法，考虑做进化树进一步缩小范围……
或者说其实peroxidase家族基因在功能上区别并不大。GO分析发现这些序列在ABD染色体的位置上相似性很高。所以重点不是谁表达了，而是谁调控他们表达了？
2020年8月26日
进化树结果出来了
看着还行，个别gene距离太远了。说明分类不好，还需要优化
把我需要的基因名名字改长看看位置
也不太集中在某个区域或者某个枝干上……只能再优化看看了
补一个带距离的图
To be continued ...
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