使用Excel绘制热图
事实上，对于大多数生物背景的朋友或者日常工作为湿实验的朋友，**最实用，最简单**的绘制一张热图或者直观地展示基因表达趋势的方式是**使用Excel直接绘制一张热图**。
虽然现在已经有很多网页版的或者是本地版的工具，但是对于快速的察看一些基因的表达趋势来说，或许直接在Excel上绘制会更简单方便。
故写下这个博文，希望对有需要的朋友有一点帮助。
需要的软件
只有Excel 是必须的，版本应该在2010或者以上
可选项还有Adobe Illustractor，可用于得到**矢量图**
准备数据
在生信数据中，最常见的绘制热图场景，就是多个基因在多个样本中的表达量矩阵，具体如下图，第一列是基因标签，第一行是样本标签，其他格子中为基因的RPKM或者FPKM更或者其他指标
使用到的数据
绘制热图
随后整理一个简单的热图
一个比较粗糙的热图
优化
接下来，我们要**优化**一下，这张图直接使用了*原始的表达量值*，不能很好的展现基因在不同样之间的表达变换，也可能掩盖了表达量比较低或者表达量比较高的基因的表达变化。所以，一般在热图绘制中，会采用两种两种标准化方法，
1.对数转换：转换之后，可以更好的显示出低表达基因的表达变换，也可以比较不同基因之间的表达量
2.基因在不同样本中的表达量，进行*正态标准化*，这种标准化操作后，突出地展现了基因在不同样本中的表达变化（*注意，此时不用基因之间的值没有可比性，当然这个常常并不被关注*）
3.基因在不同样本中的表达量，做0-1标准化，将最小值映射到0，最大值映射到1，按比例整理即可
上述第一种标准化方法和第三种标准化方法都比较简单，这里不加以说明，仅演示第二种标准化方法，其对应的公式是，具体可参考[百度](https://baike.baidu.com/item/%E6%AD%A3%E6%80%81%E5%88%86%E5%B8%83/829892?fr=aladdin)
u是标准化后的值，X是原始值，μ是均值，δ是标准差
所以还是比较简单，使用Excel的两个*内置函数*和自动映射功能，
在单元格中输入`=avergae(`，手动选择一行，**回车**即可计算均值，
分别计算*均值*，和*标准差*
双击箭头指向的单元格右下角的点，或者点击拖住下拉
自动映射，得到所有均值
自动计算标准差，与均值的操作类似，使用的函数是`=STDEV()`
自动映射，得到每个基因的标准差
随后，可以直接计算**标准化后的值**，按照*正态标准化*的公式，如下，**注意添加的美元符号**，输入完公式之后，回车即可完成一个单元格的计算
基于正态标准化的公式，进行计算，得到标准化后的值
由于加了美元符号，此处可以直接进行行和列的自动映射，点击单元格的右下角，向右拖拽，选择了行，再向下进行整行映射
一个单元格映射到一行，一行映射到多行
对于得到的标准化后的矩阵，复制列名 和 行名，即可得到标准化后的热图，可以明显看到，**基因在不同样本中的表达变化趋势**
标准化之前的热图 和 标准化之后的热图
到此，相对能看的热图基本完成，但是热图太丑，所以我们需要进行美化
1. 边框太丑，去掉
2. 标签文字居中会好看点，调整
3. 单元格中标准化之后的数值太丑，不好看，去掉
进一步美化
以上，第一点直接进项颜色填充，填充为白色，第二点文字居中，搞定，第三点比较麻烦，所以这里直接演示最后一点
掩盖数字
如此，即可得到这样的热图
完成了，可直接复制黏贴到报告文档
至此，我们已经完成了常见的热图绘制和整理，那么问题来了，
得到矢量图
**如何得到矢量图，毕竟，清晰度很关键啊，或许要放到论文里面...**
这个操作就比较简单了，
1.选择Excel中对应的**热图**，复制（或者鼠标右键复制，或者键盘Ctrl+C）
2.打开Adobe Illustractor，黏贴（或者鼠标右键黏贴，或者键盘Ctrl+V）
获取矢量图
搞定，Excel做一个热图，还是**很简单的**。
这个就是送给大家的**情人节礼物**了
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