一些感染了SARS2的患者发展为重症肺炎和急性呼吸窘迫综合征。这些患者不同的临床症状导致人们推测感染了SARS2的肺泡对病毒的免疫应答和其他类型的肺炎不同。我们收集了88位因SARS2诱发呼吸衰竭的病人支气管肺泡灌洗样本，和211位已知或疑似其他病原体造成的肺炎的样本，并对它们进行了流式细胞术和批量转录组分析。我们对重症新冠19进行了48小时的插管，收集了10例支气管肺泡灌洗样本并进行单细胞rna测序。在大多数感染了SARS的患者中，肺泡腔持续充斥着T细胞和单核细胞。大量和单细胞转录组分析表明，SARS会感染肺泡巨噬细胞，巨噬细胞反过来会通过产生T细胞化学引诱物进行应答。这些T细胞产生干扰素促进肺泡巨噬细胞释放炎症因子并进一步促进T细胞激活。总的来说，我们的研究表明，SARS造成缓慢展开的，空间局限的小泡炎，其中肺泡巨噬细胞包含了SARS和T细胞形成正反馈环，导致持续的肺泡炎症
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