基因ID转换有很多方法,对高手如饮水吃饭,对新手来说却是很难逾越的高山,我推荐两个简单迅速的方法:
一 网页工具
https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php
哪里不会点哪里
二 R语言org.Hs.eg.db 系列包
suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))# 载入包
keytypes(org.Hs.eg.db) #查看支持对选项
[1] "ACCNUM" "ALIAS" "ENSEMBL" "ENSEMBLPROT" "ENSEMBLTRANS" "ENTREZID" "ENZYME"
[8] "EVIDENCE" "EVIDENCEALL" "GENENAME" "GO" "GOALL" "IPI" "MAP"
[15] "OMIM" "ONTOLOGY" "ONTOLOGYALL" "PATH" "PFAM" "PMID" "PROSITE"
[22] "REFSEQ" "SYMBOL" "UCSCKG" "UNIGENE" "UNIPROT"
gene_list<-select(org.Hs.eg.db, keys=as.character(your genes), columns=c("SYMBOL","ENTREZID"), keytype="ENSEMBL") #keytype是你输入基因编号类型,columns是你输出对基因编号类型,基因怎么导入不再赘述。
gene_list[1:4,1:3]
ENSEMBL SYMBOL ENTREZID
1 ENSG00000125352 RNF113A 7737
2 ENSG00000048162 NOP16 51491
3 ENSG00000205542 TMSB4X 7114
4 ENSG00000205542 TMSB4X 7114
结果是一个矩阵,想怎么提取就怎么提取。
网友评论