基本信息
标题：DNABarcodeCompatibility: an R-package for optimizing DNA-barcode combinations in multiplex sequencing experiments
作者：Céline Trébeau, Jacques Boutet de Monvel, Fabienne Wong Jun Tai, Christine Petit, Raphaël Etournay
期刊：Bioinformatics, Volume 35, Issue 15, 1 August 2019, Pages 2690–2691, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty1030
前言
使用足够的DNA条形码对于明确鉴定使用下一代测序仪测序的多重文库中的每个DNA文库是必不可少的。我们介绍了DNABarcodeCompatibility，这是一个R-package，允许人们通过对条形码施加所需的约束（包括测序仪化学，条形码成对最小距离和核苷酸含量）来设计单条或双条形码多重实验，同时优化条形码频率使用，从而允许一个为了促进解复用步骤和备用昂贵的文库制备工具包。该软件包具有用户友好的界面和用Java和Shiny开发的Web应用程序（https://dnabarcodecompatibility.pasteur.fr），分别旨在帮助将核心设施的专业知识与非经验用户的实验需求联系起来。
下载和使用
DNABarcodeCompatibility可以轻松扩展，以满足特定的项目需求。R-package的源代码及其用户界面可与GPL-2许可下的[ https://github.com/comoto-pasteur-fr] 上的文档一起公开获取。
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