PlaceMyFossils: An Integrative Approach to Analyze and Visualize the Phylogenetic Placement of Fossils Using Backbone Trees
一种使用主干树分析和可视化化石系统发育位置的综合方法
Systematic Biology
https://doi.org/10.1093/sysbio/syaf025
发布日期：2025 年 4 月 17 日
近年来，人们对使用形态学来确定物种在分子数据衍生的系统发育树上的位置越来越感兴趣。这与最近灭绝的物种或化石物种有关，它们通常仅由碎片形态表示。在后一种情况下，使用骨干树的约束分析也被证明有助于评估碎片标本在来自形态学数据的系统发育树上的位置。因此，几个可用的系统发育程序现在包括运行约束搜索的函数。然而，在现有的分析工具中，并不容易获得对所获结果的全面评估。在这里，我们提出了一种综合方法——PlaceMyFossils——专门设计用于 （1） 彻底评估给定查询物种（尤其是化石）在参考树上的系统发育位置，（2） 确定哪些字符和字符分区与定义系统发育位置最相关，（3） 评估结果的置信度，以及 （4） 定义放置查询物种的最佳分析条件。PlaceMyFossils 结合了作为 TNT（使用新技术的树木分析软件）的交互式脚本实现的多项分析，TNT 是一种流行的免费系统发育软件，广泛用于古生物学研究。最后，我们使用来自针叶树和恐龙的两个不同的经验数据集演示了其效用并研究了 PlaceMyFossils 与其他可用工具相比的性能。虽然该工具主要用于处理化石，但在推进形态学和分子系统学方面也具有巨大潜力。它为旨在整合分子和形态学数据的实证系统论者提供了强大的资源。鉴于人们对形态进化作为进化过程和多样化驱动因素的补充视角的兴趣日益浓厚，这一点尤其重要。
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