美文网首页
相分离——目标蛋白引物设计(OE plasmid的构建)

相分离——目标蛋白引物设计(OE plasmid的构建)

作者: 找兔子的小萝卜 | 来源:发表于2020-09-18 10:43 被阅读0次

瞬转目标蛋白DNA,使其在细胞中瞬时高表达,在荧光显微镜下观察是否会形成聚合物颗粒。

1 蛋白表达质粒构建

(1)将自己的目标蛋白们的CDS区的DNA序列导入primer 5 看里面存在哪些酶切位点,将没有出现的酶切位点,作为引物末端,而引物中间序列则为目标蛋白DNA序列的前19位,与后19位。

首先在NCBI protein中输入蛋白名称,找到蛋白序列后导出fasta CDS序列,

例: image.png

点击:send to

image.png

出现txt文档,就是蛋白的编码区的全部序列。

2 设计primer

将质粒序列,目标蛋白序列同时导入primer5然后查看质粒中含有的内切酶位点及其目标蛋白全序列中没有的位点作为引物设计的位点。

常见的额内切酶识别位点:


image.png

当你设计好引物,添加上了内切酶识别序列,下一步或许是添加保护碱基了,可以参考:

image.png

所以VDR的primer为:

image.png

F:前面黑色字体为保护碱基+Cla1序列,后面19个碱基为VDR序列的前19个碱基。

R:前面黑色字体为保护碱基+Kpn1的序列,后面19个碱基为VDR最后19个碱基的反义链。

反向互补链网站:https://novopro.cn/tools/rev_comp.html

引物设计的目的是将目标片段扩增出来以便与载体连接。

(2)PCR扩增:

以人***细胞cDNA为模板,PCR扩增目的基因,在引物两端分别引入上述选好的酶切位点,1%琼脂糖凝胶回收目的基因DNA条带。

(3)载体和目标片段的限制性酶切:

质粒载体CMV和目的基因PCR产物的上述两种酶双酶切,酶切反应在37℃水浴反应2h;1%琼脂糖凝胶电泳分别回收质粒酶切大片段和目的基因酶切片段。

(4)连接转化:

质粒酶切回收大片段与目的基因连接,连接反应在16℃反应12小时。取10ul连接产物与100ul DH5a感受态细菌混匀后冰浴30min,42℃热激90s,立即置冰上放置5min,加入预热至室温的700ul LB培养基, 37℃恒温摇床培养50min,吸取 200ul的菌液,用移液器混匀后均匀涂布于含100ug/ml Ampicillin抗性的LB平板上, 37℃恒温培养箱倒置培养过夜。

(5)挑取克隆提质粒验证:

挑取5个单菌落接种于含5ml,100μg/ml Ampicillin抗性的LB培养液中,300rpm,37℃恒温摇床培养过夜,对过夜的菌液进行扩增,选择阳性菌液,用质粒小量提取试剂盒提取质粒,再进行测序验证。

相关文章

  • 相分离——目标蛋白引物设计(OE plasmid的构建)

    瞬转目标蛋白DNA,使其在细胞中瞬时高表达,在荧光显微镜下观察是否会形成聚合物颗粒。 1 蛋白表达质粒构建 (1)...

  • 实验技术(2)——引物设计相关

    【进入正题】 前面提到的几个探究蛋白互作相关的实验,其实第一步都需要构建合适的质粒,那么就少不了设计靠谱的引物了。...

  • 实验技术(2)——引物设计相关

    【进入正题】 前面提到的几个探究蛋白互作相关的实验,其实第一步都需要构建合适的质粒,那么就少不了设计靠谱的引物了。...

  • 生信-使用NCBI进行目的基因的引物设计

    使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物...

  • Primer Premier 5.0引物设计

    PCR引物设计⑴ 确定PCR产物片段大小(product length);⑵ 确定引物所在区段;⑶ 确定引物序列的...

  • 超全 | PCR引物设计-免费软件合辑

    引物设计是PCR成功与否的关键因素之一。目前已经发表了上百种引物设计的软件,该如何选择这些PCR引物设计软件呢?此...

  • 荧光定量PCR(二) — 引物与探针

    1.引物设计的基本原则是什么? 引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 引物长度一般在15-30碱基之间。 引物G...

  • 表达质粒构建之引物设计

    比如我现在需要表达FUS这个蛋白,首先我要确定FUS的CDS区序列,使用NCBI即可获得; 可以看出FUS有三个同...

  • 2018-05-04

    引物设计不合理,PCR无结果,你中招了吗? 设计PCR用引物时的注意事项? 可以从以下几个方面考虑: 1. 引物长...

  • infusion

    In-Fusion方法及引物的设计 本章构建PHD2的重组表达载体时使用的是pET-43.1(+)系列中的pET-...

网友评论

      本文标题:相分离——目标蛋白引物设计(OE plasmid的构建)

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/tilryktx.html