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2018-06-25(生信第4题)

2018-06-25(生信第4题)

作者: 天秤座的机器狗 | 来源:发表于2018-06-25 20:07 被阅读8次

来自生信技能书论坛上的题目

题目很多,先做第一个小问题,即“‘5’和3‘端截掉几个碱基”

写了如下的脚本

fastq4行读取的方式,值得记住

另外熟悉切片操作

还有就是将filename,cut_5,cut_3,设置成了参数的形式,可以进行如下操作

reads_1.fq ,3,4  分别是对应3个参数

如果想把运行后的文件保存起来,可以用下面的命令

python3 cut_fastq.py reads_1.fq 3 4 >cut_reads_1.fq

也是利用 > ,将文件保存到cut_reads_1.fq

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