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突然发现HGVS更新了

突然发现HGVS更新了

作者: 艺语呢喃er | 来源:发表于2018-09-28 21:37 被阅读0次

今天跌了个大跟头,HGVS你不爱我了吗o(╥﹏╥)o

某样本NGS测序后提示chr1:45973879-45973908:TCCAGAGCCTCCCAGAGCTGCAGATAGAAA:- 

换算成对应的核苷酸改变是MMACHC基因c.277-5_301del

上UCSC浏览器查询相关核苷酸改变,发现c.277-5_301del和c.277-3_303del两种表示方法引起的核苷酸改变其实是一样的。那要不要按照3’规则,使用表示法②呢?

陷阱2:

2017年HGVS网上对于del的描述大致是:遵循3’规则,但内含子/外显子交界区可能例外。我参照去年做的笔记,选择了表示法①

陷阱3:

经同事提醒,发现2018年HGVS网页有更新,针对del的部分主要表现在分类更加明确,如单个核苷酸、多个核苷酸、外显子/内含子/外显子交界、外显子、基因层面等,细节见下图:

一波三折,参考上图最后一个例子,该位点最终表示为c.277-3_303del

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