Day1 高效学习平台和方法推荐
Day2-3Linux基础
Day4-6 R语言基础
Day7 测序知识
今日待解决问题:
- 什么是linux,什么是服务器?
- 为什么学生信要用linux?
- 怎样召唤linux--阿里云服务器
- 怎样登录服务器--xshell和terminal
- linux有哪些最基本的操作?
1. 什么是linux,什么是服务器?
1.1. linux
linux类似windows、mac,是一种电脑操作系统,因其开源、免费、稳定、安全的特点而被熟知。通常一台电脑不能同使用双系统,但是可以通过使用模拟器的手段实现操作,即在我自己windows系统的电脑上通过下载并注册xshell、ubuntu等使用linux系统(mac系统可以在terminal中直接使用)。

1.2. 服务器
玩过lol、dota2、dnf、cf、ro等等网游的朋友,就很容易理解什么是服务器。通常玩一款网游,作为用户首先需要有一台自己的电脑(自备),其次在这台电脑上下载客户端(Xshell),接着输入账号密码(豆花的邮件提供),等待服务器的连接(update),然后就是开耍了(实操练习)。
个人理解:服务器就是一台特别的中央计算机,比我们一般用的运行更快、性能更佳,能同时服务多个用户使用,避免自己烧钱买基本设备。

2. 为什么学生信要用linux?
我认为明白这个问题的前提是知道 —— 何为生信?
生信的本质就是对于生物数据的处理。信息爆炸年代到来已久,许多东西已经是无法单凭人工完成,例如人类基因组共31.6亿个碱基对,每次测序都会产生大量的数据文件,若再以人力分析这些简单的对比任务,就会花费更大量的时间、精力、财力。因此需要一些程序、命令来执行这些操作,例如linux、python等。
参考什么是生物信息学?--知乎、0成本召唤linux --生信星球
3. 怎样召唤linux--阿里云服务器
3.1. 下载Xshell
已通过花花今日份教程中的百度盘连接成功下载安装。

4. 怎样登录服务器--xshell
由于贴心的豆豆和花花已经帮我申请了一周的服务器,所以在Xshell中根据教程可直接登录~
ssh 账号@ip地址 #步骤1 输入后回车,例如bio01@120.50.110.110
Connecting to 120.50.110.110:22 ...
Connection established.
To escape to local shell, press 'Ctrl+Alt+]'. #步骤2 自动出现对话框,输入密码后确认
Welcome to Ubuntu 18.04.1 LTS (GNU/Linux 4.15.0-54-generic x86_64)
* Documentation: https://help.ubuntu.com
* Management: https://landscape.canonical.com
* Support: https://ubuntu.com/advantage
System information as of Tue Sep 15 15:06:49 CST 2020
System load: 0.23 Processes: 103
Usage of /: 34.8% of 49.15GB Users logged in: 2
Memory usage: 31% IP address for eth0: 110.10.0.10
Swap usage: 0%
* Kubernetes 1.19 is out! Get it in one command with:
sudo snap install microk8s --channel=1.19 --classic
https://microk8s.io/ has docs and details.
* Canonical Livepatch is available for installation.
- Reduce system reboots and improve kernel security. Activate at:
https://ubuntu.com/livepatch
*** System restart required ***
The programs included with the Ubuntu system are free software;
the exact distribution terms for each program are described in the
individual files in /usr/share/doc/*/copyright.
Ubuntu comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY, to the extent permitted by
applicable law.
/usr/bin/xauth: file /home/bio02/.Xauthority does not exist
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ #步骤3 可以开始实践操作了

5. linux有哪些最基本的操作?
5.1 显示路径
pwd :print working directory,即显示当前所在目录路径,如下
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ pwd
/home/bio01 #当前位置为home的bio01目录内
5.2 创建目录
mkdir :make directory,即创建一个目录,如下
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ mkdir biosoft #回车后即创建成功
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ mkdir project
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ mkdir tmp
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ mkdir src
5.3 显示列表
ls :list show,即显示当前所在目录的列表内容,如下
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft project src tmp test.txt #当前目录内有4个子目录(蓝字)和1个文档(白字)
5.4 删除文档
rm :remove,即删除当前所在目录的文档;
rmdir :remove directory,即删除当前所在目录下的目录,如下
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ rm test.txt #删除指定文档
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ pwd
biosoft project src tmp #删除成功
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ rmdir src #删除指定目录
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ pwd
biosoft project tmp #删除成功
5.5 转跳目录、返回
cd :change directory,即转跳目录功能,若单一个cd则返回主目录,如下
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ cd tmp #回车后即转跳成功
bio01@VM-0-10-ubuntu:/tmp~$ pwd #查看自己位置,其实$前就是现在所在目录
/home/bio01/tmp
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ cd #回车后即返回主目录
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ pwd
/home/bio01
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ cd - #回车后即返回
bio01@VM-0-10-ubuntu:/tmp~$ pwd
/home/bio01/tmp
5.6 创建文档
vi :是linux自带的文本编辑器,可以创建一个文档文件(vim亦可),如下
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ vi test.txt #回车后即创建成功,亦是打开文档
i have a pen #需要先按一下i,或者按一下空格就可以编辑了
you have an apple
emm ah
apple-pen| #此处光标所在,即输入该文档内容
~
~
~
~ #按下Esc键后的左下角insert小时,输入 :x 结束指令
-- INSERT -- 4-10 All
5.7 内容输出
cat :concatenate,即连接文件并打印到标准输出设备上;
head -n 数字 :即查看文件开头部分,默认为10行;
tail -n 数字 :即查看文件开头部分,默认为10行,如下
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ cat test.txt #命令输出文档
i have a pen
you have an apple
emm ah
apple-pen #内容已输出
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ head -n 3 hello_world.txt #仅输出文档前3行内容
i have a pen
you have an apple
emm ah #内容已输出
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ tail -n 2 hello_world.txt #仅输出文档最后2行内容
emm ah
apple-pen #内容已输出
5.8 复制
cp :copy file,即复制文档,如下
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ mv test.txt test2.txt #将test.txt文档复制一份test2.txt
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft project test2.txt test.txt tmp #复制成功
5.9 移动文档和重命名文档
mv :move file,即移动文档或重命名文档,如下
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ mv test.txt word.txt #将test.txt文档重命名为word.txt
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft project tmp word.txt #已成功重命名
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ mv word.txt ~/ptm #将word.txt文档移入ptm目录内
bio01@VM-0-10-ubuntu:~$ cd tmp
bio01@VM-0-10-ubuntu:~/tmp$ ls
word.txt #已成功移入tmp目录内

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