Day 2_0 linux 学习笔记

配置xshell选项

image.png

最基础查看运行命令

ps -ef 
jobs -l
top

keynote

Linux酷炫的颜色

PS1="\[\e[31;1m\]\u cd \[\e[34;1m\]\h \[\e[36;1m\]\w \[\e[33;1m\]\t $ \[\e[37;1m\]\n"
PS1='\[\e[1;35m\][\[\e[1;33m\]\u@\h \[\e[1;31m\]\w\[\e[1;35m\]]\[\e[1;36m\]\$ \[\e[0m\]'
####永久配置酷炫颜色
cat >> .bashrc
PS1="\[\e[31;1m\]\u cd \[\e[34;1m\]\h \[\e[36;1m\]\w \[\e[33;1m\]\t $ \[\e[37;1m\]\n"
source .bashrc

永久配置酷炫颜色.png

将文件从一个服务器拷贝到另一个服务器

scp /public/reference/genome/hg38/hg38.fa chenyuqiao@129.28.108.226:~/

文件查找功能

find ./ -name "*zip"

-SN 显示行号，整行显示，简洁显示

less -SN .profile

Vim文本编辑和保存

w  ###保存后才能退出

Cat操作小文本 重定向

cat > new.txt
hellow
^C
cat >> new.txt   #####追加

必须先sort 再unique -c去重

sort|uniq -c

cut 自定义切割保留
cut默认是\t分隔， awk默认是空格+分隔

cut -d ' ' -f 1-2,9

zless 查看gtf.gz文件 如果要进行全局操作可以用zcat

zless -S /public/reference/gtf/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz |cut -f 9|grep -v '#'|cut -d ' ' -f 1-2|sort|uniq -c |less -S
zless -S /public/reference/gtf/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz |grep  -v '#'|cut -f 9|grep 'transcript_id'|awk 'BEGIN{print "ens_id\ttr_is"}{print $2"\t"$4}'|sed 's/;//g'|sed 's/"//g' |less -S
zless -S /public/reference/gtf/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz |cut -f 9
zless -S /public/reference/gtf/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz |cut -f 1-3,9|less -S
zless -S /public/reference/gtf/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz |cut -f 9|grep -v '#'|less -S

tr 替换

echo $PATH |tr ':' '\n'|less -S

grep -E： -E, --extended-regexp PATTERN is an extended regular expression (ERE)
-E 的作用和\是一样的

nl /etc/passwd |grep 'root\|qmcui'
nl /etc/passwd |grep -E 'root|qmcui'

通配符

^开头
&结尾
\n换行分隔
\t Tab分隔

cut 类比 awk

cut -d ":" -f 1 
cat /etc/passwd |awk  -F ':'  '{print $1"\t"$7}'

paste：注意- -之间是有空格的

zcat sample1.fa.gz | paste - - - - |less -S

替换

echo $PATH | tr -s ":" "\n" |less -S 

alias可以自定义命令： .bashrc内查看

alias可以自定义命令
文件权限read write X执行 文件权限

read write