美文网首页
查找植物基因序列的一个数据库

查找植物基因序列的一个数据库

作者: 重新开始_xy | 来源:发表于2020-11-09 09:52 被阅读0次

帮别人设计某植物基因的引物,在NCBI上硬是一个基因也没查到。意外发现一个好用的植物的数据库,phyphytozome。网页链接
https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#!search?show=KEYWORD&method=Org_Pvulgaris

phy.png

select a target左边选择要查询的物种,右边输入关键词,可以是基因名或者其他的,点击GO。

image.png

点击G,会进入基因的详细描述


image.png

点击sequence进去,即可复制转录本序列,或者直接链接到NCBI进行引物的设计。

相关文章

  • 查找植物基因序列的一个数据库

    帮别人设计某植物基因的引物,在NCBI上硬是一个基因也没查到。意外发现一个好用的植物的数据库,phyphytozo...

  • 转录组分析(6) - 基因注释

    目的 基因功能的注释依赖于基因结构或者序列,将基因序列或蛋白序列和主流数据库进行比对获取该基因的功能信息,最终对预...

  • 查找一个基因的序列

    工具ncbi gene #查看基因信息 nucleotide #查看mRNA序列,mRNA转录变体,长度 tra...

  • miRNA分析中常用的数据库

    一、miRBase数据库 miRBase序列数据库是一个提供包括miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方...

  • 二级核酸数据库

    RefSeq 数据库 参考序列数据库通过自动及人工精选出的非冗余数据库,包括基因组序列,转录序列和蛋白质序列。 d...

  • 基于序列分析的m6A数据库汇总

    基于序列分析的数据库简介 基于基因序列来进行预测的数据库,一般的输入文件都是序列文件。序列文件的话一般都是 fas...

  • 全基因组CNV分析2. 快速上手

    1. 参照序列和注释数据 CNVkit要求有两组基础数据才能进行分析 Fasta格式的参考基因序列 基因注释数据库...

  • 如何批量下载同源基因序列

    第一步 查找下载同源基因NC号 然后点击send to 下载下来,如图所示 第二步 查找下载同源基因序列 登录B...

  • 批量截取基因序列

    很多基因组数据库中只有基因组,CDS和蛋白质序列,而没有基因的序列,这就需要我们自己去提取 1. 输入文件 首先我...

  • RepeatMasker:查找基因组上的重复序列

    欢迎关注”生信修炼手册”! RepeatMasker软件用于查找基因组上的重复序列,默认情况下,会将重复序列原有的...

网友评论

      本文标题:查找植物基因序列的一个数据库

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/vqqlbktx.html