原文 标签 r anaconda readline ncurses conda
我正在使用 Anaconda 来管理我的 R 安装。它适用于 Anaconda 提供的 R channel 中可用的软件包，但我在安装 Anaconda 存储库中未包含的软件包时遇到了麻烦。
我尝试了几种不同的方法，下面列出了所有方法及其错误输出。
1. install.packages('rafalib')
建议在这里工作 conda - How to install R packages that are not available in "R-essentials"? 。我的 .libPaths() 指向 '/home/user/anaconda2/lib/R/library' 。
出去:
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Error in download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) :
unsupported URL scheme
Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'tcltk', details:
call: fun(libname, pkgname)
error: Can't find a usable init.tcl in the following directories:
/opt/anaconda1anaconda2anaconda3/lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./library ./library ./tcl8.5.18/library ./tcl8.5.18/library
This probably means that Tcl wasn't installed properly.
我从 conda channel tcl 安装了 r-old ，但 install.packages() 仍然抛出相同的错误消息。
2. options(menu.graphics=FALSE) 然后 install.packages('rafalib')
我得到了一个镜子列表并选择了一个。
出去:
Selection: 15
trying URL 'http://cran.utstat.utoronto.ca/src/contrib/rafalib_1.0.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 11798 bytes (11 KB)
==================================================
downloaded 11 KB
sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmphwpta0/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rafalib") :
installation of package ‘rafalib’ had non-zero exit status
2 和 3 都来自 Disable/suppress tcltk popup for CRAN mirror selection in R
3.在~/.Rprofile中设置镜像
在尝试 install.packages() 之前，我在 ~/.Rprofile 中添加了以下内容。
## Default repo
local({r <- getOption("repos");
r["CRAN"] <- "http://cran.us.r-project.org";
options(repos=r)})
出去:
trying URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/rafalib_1.0.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 11798 bytes (11 KB)
==================================================
downloaded 11 KB
sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmppIz9rT/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rafalib") :
installation of package ‘rafalib’ had non-zero exit status
4. 将下载方法设置为'curl' 或'wget'。
同时保留新的 ~/.Rprofile configuration 。我想这不是必需的，因为该软件包现在似乎可以正常下载，但我进行了测试以防万一。
出去:
sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available, :
download of package ‘rafalib’ failed
Warning message:
In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
download had nonzero exit status
5.手动download of rafalib
install.packages('../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz', repos=NULL, type='source')
出去:
sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
Warning message:
In install.packages("../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz", repos = NULL, :
installation of package ‘../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz’ had non-zero exit status
6. 从 rafalib 构建 conda 包
我为此 Errors building R-packages for conda 开了一个单独的问题。简而言之，它提示缺少我已经安装的依赖项。 更新 我解决了依赖问题，现在我遇到了与其他方法相同的 rl_signal_event_hook -error。
7. sudo ln /usr/lib/libncursesw.so.6 /usr/lib/libncursesw.so.5
根据 https://github.com/conda/conda/issues/1679 ，但它没有为我解决问题。
所以看起来我现在可以正常下载软件包，但安装失败。我之前在 sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook 中将 R 与 irkernel 一起使用时，我已经看到了错误消息 Jupyter Notebook ，但它从未妨碍我的工作。在通过 anaconda 运行 python 时，我从未见过与该错误消息相关的任何内容。
我没有想法了。有谁知道我如何安装 anaconda 不提供的 R 包，例如 rafalib 或 swirl ？
我使用内核为 4.4.5-1-ARCH 的 Linux(Antergos，Arch 衍生产品)。
更新 2016/04/15
有一些 related discussion in this thread 。我尝试通过安装不同版本的 ncurses(包括 this patched version )来解决此错误，并且我尝试链接 readline 库 as suggested here ，但我一直遇到相同的错误。在这一点上我很迷茫，任何解决这个问题的帮助将不胜感激。
最佳答案
有关管理Anaconda R中和不在Anaconda R中的软件包的详细信息:http://ihrke.github.io/conda.html
本质上是使用命令:
conda skeleton cran <package_name>
conda build <package_name>
如果包具有不在 Anaconda 中的依赖项:
conda skeleton cran <dependency1>
conda skeleton cran <dependency2>
conda build <package_name>
基本上我会同意这篇文章说我不明白 install.packages() 如何与 Anaconda 一起工作。我似乎看到的是 Anaconda 创建了一个 R 环境，其中保留了从 install.packages() 安装的所有软件包。
每当我使用 R 在 Jupyter 中工作时，我都会使用这个环境并且能够访问我使用 install.packages() 安装的所有包
关于r - 如何安装不在 conda 存储库中的 R 包？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/36652015/
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