VennDiagram绘制韦恩图

年后开工第二天，忘了开机密码不说，甚至忘记了自己先前是干什么工作的。
哎~~~~依旧在暴躁中。。。。只能通过整理之前工作来找回状态。
闲话少说。

1、安装和载入
安装的具体方法就那几种，换着用，总有一款适合你。
载入包并且设置路径

library(VennDiagram)
library(export) ##这个包只要绘图，必备。
setwd("E:/4/")

2、准备数据
数据就是你要绘制韦恩图用的数据。
之前筛出来的差异基因就行。
具体格式：

image.png

具体操作的时候，把第一列提取出来就行。

3、载入数据并绘图

ds <- read.csv("DESeq2_diffExpression_DS.csv",header = TRUE)
pd <- read.csv("DESeq2_diffExpression_PD.csv",header = TRUE)
pva <- read.csv("DESeq2_diffExpression_PVA.csv",header = TRUE)
#主要是获取对应的差异表达基因，转换成向量。
ds <- as.vector(unlist(ds[1]))
pd <- as.vector(unlist(pd[1]))
pva <- as.vector(unlist(pva[1]))
#变量名要求是字母开头。
venn.plot <- venn.diagram(
  x = list(DS = ds,PVA = pva,PVADS = pd), ##等号前面的是在图中具体显示的文字。所以提前搞好。
  filename = NULL, #你可以写具体的名字（venn.tiff），注意这里不支持pdf格式。也可以不写（NULL），后面用export输出。即可
  col = "transparent",  #透明的、还是不透明的、还是半透明的。
  fill = c("red", "blue", "green"),  #几个圈圈的颜色。
  alpha = 0.5,  #如果是透明的，要多透明，即透明度。
  label.col = c("darkred", "white", "darkblue", "white",
                "white", "white", "darkgreen"),
  cex = 2.5, #里面数字的字体大小。
  fontfamily = "serif", #貌似是设置字体。
  fontface = "bold", #字体是不是需要加粗啥的。
  cat.default.pos = "outer", #每个圈圈的名字要现在圈里面还是全外面，现在这个设置是圈外面。如果里面“text”
  cat.col = c("darkred", "darkblue", "darkgreen"), ##圈圈名字的颜色，一般是名字写在圈里面的时候设置一下。
  cat.cex = 2.5, ##圈圈名字的字体大小。
  cat.fontfamily = "serif", #貌似还是字体。
  cat.dist = c(0.05, 0.05, 0.05), ##圆圈的名字相对圆圈的位置。自己随意调整试试看吧。
  cat.pos = c(-20,20,180) ##圆圈的名字相对的角度。看着调整吧，我这个数值是抄别人家的。
)
##让你画出的图显示出来。
grid.draw(venn.plot)
##然后输出到PPT当中，方面图版修改。
graph2ppt(file="VennDiagram.ppt", width=10, aspectr=1)

4、后记
这里有个和之前不同的地方。
之前用ggplot或者heatmap等等绘图的时候，用：
g <- ggplot2(...)
g
就会直接显示图。
这里如果直接输入venn.plot 是不可以的。
所以需要借助于 grid.draw
那么这个grid.是个什么玩意儿呢？什么时候用呢？怎么用呢？
稍等吃完饭讲。