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生信中可能要用到的软件的功能(不定期更新)

生信中可能要用到的软件的功能(不定期更新)

作者: 灵动的小猪 | 来源:发表于2019-01-19 09:54 被阅读18次

质控

fastqc,trimmomatic

比对

bowtie,bowtie2,bwa,STAR,

排序

samtools,picard

检测变异

gatc

定量

trinity

差异分析

RSEM

转换基因组

g2gtools: 根据vcf文件将indel和snp融合到参考基因组中

序列的拼接

funannotate

基因的预测

Augustus,eugene,softberry(网站),funannotate,

基因的注释

funannotate,eggNOG-Mapper

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