质控
fastqc,trimmomatic
比对
bowtie,bowtie2,bwa,STAR,
排序
samtools,picard
检测变异
gatc
定量
trinity
差异分析
RSEM
转换基因组
g2gtools: 根据vcf文件将indel和snp融合到参考基因组中
序列的拼接
funannotate
基因的预测
Augustus,eugene,softberry(网站),funannotate,
基因的注释
funannotate,eggNOG-Mapper
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