Mapman-完全上手指南-Part_2（Mapman系列之四）
系列之三推完之后，即是到校之时。从此便没有太多时间推进教程系列。不过似乎还是有几位朋友在等更新。索性，今晚睡觉前写一个（心在是23点….）。
在上一篇推送中，具体介绍了Mapman三个主要的数据信息，其中有两个从某种程度来说 必须是自己准备的。
既然数据准备好，那么本推就主要介绍数据的导入和基本的操作，或者说可视化。
导入Mapping文件
导入实验数据
随后，我们需要导入实验数据。正如前面的推送中说到的，输入的数据，可以是基因的log2FoldChang信息，也可以是基因的表达量矩阵，如RPKM，FPKM等矩阵。
同样，建议导入数据前，文件保存为.txt 后缀的 文本文件。
如果非常不确定自己的文件是什么格式的话，那么:
- 打开Excel
- 将文件拖进去Excel中（任何询问，直接点确定）
- 左上角，文件另存为
- 弹出的对话框，选择 文本（制表符分隔）
- 文件名，后缀直接给.txt，如Exp.tab.txt
具体可参考下图
如此，文件格式和文件名后缀均调整OK。那么，右键Experiment，随后选择Add Data，在弹出的对话框中，选择刚才保存的数据文件
将实验数据展示在通路上
刚才导入的数据，其实是Case-Control实验的分析结果，一个Log2FC矩阵，只有两列，即基因ID和Log2FC值，这个可以是全部被检验的基因的，也可以只放差异表达部分，具体看自己需要，对结果基本没影响。
在弹出的对话框中，选择对应的Mapping文件，也就是我们上面导入的那个，
点击对应的热图可以直接查看到对应的基因ID，和具体一些数值信息。图片中，负值反而是红色，不符合常用配色。可以直接在菜单栏修改
在热图方框上，鼠标悬停（也就是稍微静止在上面一小会），那么会出现对应BIN的功能信息。摁F2可以固定窗口
直接在图片任一地方，鼠标右键菜单，其中有一项Switch Edit ModeOn，开启这个就进入编辑模式，比如可以移动一些方框
换一个图更直接一些
变成
或者
变成
移动完成后，鼠标右键，Switch Off.. 即可回归映射分析模式。
而直接在热图方框上鼠标右键，会出现类似的菜单栏，不过可以做一些另外的调整，比如
完成所有调整之后，菜单栏File，点击并选择Export as image，即可导出图片
注意，设定分辨率，虽然感觉上…似乎有些图片格式（如jpg），似乎并没有分辨率的概念。
导入表达量矩阵
类似的操作，我们可以直接导入一个表达量矩阵，这个矩阵包括了所有基因在所有样本中的表达量
鼠标右键，图片，选择Options，我们也可以调整为柱形图
柱形图其实….感觉上并没有太多意义，一般可以用折线图同时展示多组数据，
对于折线图，如果是时间序列的数据，可能非常有用。
右键折线图，Show Details，可查看具体基因的表达趋势
比较两个样本在泛素化和自噬相关通路的基因表达变化情况
、
就到这里
嗯，没想到，大体写一写，还是花了个把钟头。希望对不了解Mapman使用的朋友，有点帮助吧。具体，还是需要自行沉下来看看，毕竟Mapman主要还是一个分析工具（包括了不错的数据库），而似乎不是一个优秀的出图软件，虽然图片还是很不错的。
后续如果再有更新，大概是两个推送
- 一些隐藏操作，或者不常用操作
- 制作自己的 Pathways图片，用于Mapman展示（这个或许更有用）
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