生物数据格式转换：bedtools or bedops

参考地址

鉴于某信经常抽风，屏蔽连接的尿性。所有资料，我都是自己粘过来。不然有时候，点回去只能是空链接。

数据格式转换工具集锦：

• bedtools
• samtools
• bcftools
• bedops

在python和R中对应的工具
Python：pybedtools; bedtools-python
R: bedr

1. bedops安装、使用

1.1 下载、安装bedops (目前版本V2.4.35)

wget https://github.com/bedops/bedops/releases/download/v2.4.35/bedops_linux_x86_64-v2.4.35.tar.bz2
tar jxvf  v2.4.35.tar.gz
cp bin/* ~/bin/

编辑path环境变量：
vim ~/.bash_profile
添加命令如下：
export PATH=$HOME/disk/soft/bin:$PATH
此处的$HOME/disk/soft/是我存放上述解压后的bin的文件的位置。根据实际情况修改。
重启终端，即可使用bedops
1.2 bedops使用
例如：只看第5条染色体的数据
bedops --chrom 5 --everything ID1-Y_summits.bed
文件名：ID1-Y_summits.bed
注意此处文件的chrom的格式是只有数字5，如果格式是ch5.
则修改命令为bedops --chrom chr5 --everything ID1-Y_summits.bed

5       215764385       215764386       ID1-Y_peak_6625 1523.61914
5       215765856       215765857       ID1-Y_peak_6626 16.06706
5       215769622       215769623       ID1-Y_peak_6627 102.77308
5       215770919       215770920       ID1-Y_peak_6628 12001.26074
5       215779938       215779939       ID1-Y_peak_6629 52.09171
5       215844603       215844604       ID1-Y_peak_6630 6.35430
5       215845266       215845267       ID1-Y_peak_6631 102.79912
5       215846888       215846889       ID1-Y_peak_6632 278.78104
5       215949955       215949956       ID1-Y_peak_6633 17.12245
5       216134243       216134244       ID1-Y_peak_6634 271.71768
5       216586899       216586900       ID1-Y_peak_6635 66.54545
5       216599629       216599630       ID1-Y_peak_6636 11.41332
5       216700472       216700473       ID1-Y_peak_6637 1.98006
5       216984368       216984369       ID1-Y_peak_6638 2.14558
5       217069663       217069664       ID1-Y_peak_6639 4.08344
5       217461928       217461929       ID1-Y_peak_6640 6.92037
5       217474402       217474403       ID1-Y_peak_6641 10.07147
5       217633914       217633915       ID1-Y_peak_6642 39.89900
5       217800627       217800628       ID1-Y_peak_6643 6.54193
5       217821845       217821846       ID1-Y_peak_6644 20.14508
5       218041414       218041415       ID1-Y_peak_6645 17.65725
5       218080334       218080335       ID1-Y_peak_6646 15.09723
5       218318653       218318654       ID1-Y_peak_6647 3.91522
5       218988472       218988473       ID1-Y_peak_6648 2.14089
5       219109553       219109554       ID1-Y_peak_6649 10.63316
5       219495163       219495164       ID1-Y_peak_6650 4.97546
5       219503383       219503384       ID1-Y_peak_6651 6.31168
5       219550016       219550017       ID1-Y_peak_6652 6.31981
5       220078885       220078886       ID1-Y_peak_6653 62.30003
5       220111916       220111917       ID1-Y_peak_6654 14.20537
5       220184119       220184120       ID1-Y_peak_6655 4.89050
5       220257590       220257591       ID1-Y_peak_6656 24.83259
5       220454866       220454867       ID1-Y_peak_6657 3.70959
5       220782909       220782910       ID1-Y_peak_6658 18.07519