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TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析

TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析

作者: Y大宽 | 来源:发表于2018-10-07 14:05 被阅读61次

包括

  • 基因成员的序列特征分析(分子量等电点等)
  • 基于motif分析成员序列保守特征与可视化(蛋白与核酸,可用于挖掘未知,尤其是核酸水平-非编码水平的保守)
  • 基于domain分析成员结构域的保守型与可视化(往往已知)
  • 基因结构分析(包括内含子模式)
  • 基因染色体分布情况可视化

新建个文件夹命名基础分析

1 打开下列网址http://web.expasy.org/compute_pi/

用tbtools转换格式


image.png

复制第二列序列数据到一个新文本文档onlyseq.txt,并把所有*删除


处理excel文件最后得到如下格式文件


image.png

2 motif分析及可视化MEME

image.png

等待。。。
下载MAST xml文件


image.png

可以在线查看 MAST HTML output链接

image.png image.png

打开TBtools


image.png image.png

也可以用


image.png image.png

3基于domain分析成员结构域的保守型与可视化

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi

image.png image.png

对比motif和domain看下


image.png

domain不怎好看,可以修改hit文件
缺失的序列补回来

另外,可以用下面方式手动修改更好的展示

4 基因结构分析(包含内含子,UTR)

TBtools


image.png image.png image.png

菠萝中内含子少,而拟南芥中很多

5 基因染色体分布情况可视化

image.png image.png image.png

关注不同,分析不同,形成思考和可能的结论

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网友评论

  • 温故知新吧:记得很详细,谢谢分享笔记
  • 生信石头:前面更新了一个工具,Gff3 Reconstructor。可以辅助修复gff3文件,方便后续分析。也就是文中的缺失序列补回

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