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bam/sam数据格式——转载

bam/sam数据格式——转载

作者: 酷睿_1991 | 来源:发表于2018-09-27 14:02 被阅读0次

1.bam文件读取

samtools view xxx.bam

samtools view xxx.bam |less

2.bam和sam的区别与一致

sam是带有比对信息的序列文件(即告诉你这个reads在染色体上的位置等),用于储存序列数据(SAM  format is a generic format for storing large nucleotide sequence alignments. )。

BAM is the compressed binary version of the Sequence Alignment/Map (SAM) format. 生物信息中的二进制文件主要是为了节约空间,计算机机可读。可以用samtools工具实现sam和bam文件之间的转化。

二者都是fastq文件经过序列比对或者mapping后输出的格式(其储存的信息都是一致的)

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